但生产型UVI系统的后期维护，对技术的要求较高。UVI模式系统中，微生物多样性受人为控制因素（PH、T 、DO）的影响而受到破坏，因而，UVI系统需要根据水质理化指标向系统中加入微生物制剂，以维持微生物的多样性来确保营养物质的有效矿化。此外，部分有机物质在沉淀之后被排放到了系统之外，而溶解于水体当中的有机物质满足不了植物生长对营养的需求，这导致了UVI系统早期植物缺素的生理异常，同时养殖水体酸等一系列问题都需要技术维护来保持系统的生态平衡。
种养分离（松耦合）系统，通过将系统分隔为三个独立的板块进行运转，即养殖区，微生物处理区（矿化处理区），种植区。养殖产生的有机废弃物被单独分离，不参与系统循环，经发酵系统制成液态有机肥，再输入到栽培区，同时将外源基质肥作为二培基质，共同为蔬菜提供养料。而被过滤后的水体被生物滤池处理后再回到养殖区。系统运行中，以youzhi的条件来对三个板块进行独立操控，因此，对于系统水体理化指标，生物质因素的改变，则是采取分隔处理的原则，同时满足养殖鱼类，微生物以及植物对不同环境条件的需求。
而智能化鱼菜系统则是基于UVI模式系统或/和种养分离（松耦合）系统的基础再融入现代农业技术，通过增加设施设备投入来优化生产环境，控制系统各个板块的反应进程来建设系统和实现生产管理。
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